万历怠政，是指明朝明神宗当政期间二十多年不上朝的怠政现象。明神宗的长期怠政主要是执政中后期，因其对政事心灰意懒，加上久病不愈无法处理政事，造成了其长达20年的怠政。数十年的怠政造成当时明政府政务废弛的现象，在女真族兴起并侵占明朝东北领土、扩张势力的同时，明神宗依然称疾不上朝，是导致明朝逐步步向灭亡的原因之一。
背景
万历十年（1582年）六月二十日，内阁首辅张居正卒，万历十四年（1586年）后，神宗就开始连续不上朝。李太后年纪渐大，对神宗也实在无力管束。
万历十七年（1589年）元旦，神宗以日食为由免去元旦朝贺。万历十七年十二月二十一日，大理寺左评事雒于仁上疏，称神宗沉湎于酒、色、财、气。阁臣王家屏次日再上一本，自请罢官。最后明神宗竟三十年不上朝，只在万历四十三年（1615年）勉强到金銮殿上亮了一次相，许多朝臣都没见过皇帝一面，导致国力衰退。但是万历帝在1600年以前很有作为，他直接进行“万历三大征”军事指挥，明霍九思在《万历武功录》中评价说：“唐宋以来一大伟绩”。
由于国本之争，神宗被群臣所迫，不能立自己爱子朱常洵为储君，连选择太子的皇帝权力也失去，因而以这种方式向朝臣们示威、抗议。
聚财开矿
1582年张居正一死，神宗摆脱张居正的束缚之后，开始亲政。此外，神宗亦进行政治清算，冯保率先被抄家，张居正去世两年后获罪，也被抄了家。张居正的儿子张敬修自缢身亡，朝廷只给张居正母亲留下一所空宅和10顷薄田。
为害最大的是“矿税”一项，神宗先后派出内监多批征收矿税，几乎遍布中国各地，虽统名为矿税，实际远不限于矿业，两淮有盐监，广东有珠监，扰得民不聊生。
万历二十四年（1596年），万历皇帝派出宦官充任矿监税使，掠夺商民，一旦被认为地下有矿苗，房屋就要全部拆除，以便开矿，开矿时若果挖掘不到矿苗，附近的商家会被指控“盗矿”，必须缴出全部“盗矿”的赔款。矿监所到之处，民穷财尽，据记载：“鞭笞官吏，剽劫行旅，商民恨刺骨”，“其党直入民家，奸淫妇女，或掠入税监署中，士民公愤”，而“帝不问”，这成为明代一大恶政。首辅朱赓在上疏的时候说：“今日政权不由内阁，尽移于司礼。”大学士沈鲤在《请罢矿税疏》 中指出，矿税“皆有司加派于民，以包赔之也”。户科给事中田大益曾批评：“以金钱珠玉为命脉。”
万历二十五年（1597年）至万历三十三年（1605年），万历帝所榨取的矿税使内库银增加将近三百万两，更多的财物流人了宦官之手，沉重的赋税亦不断激起民变。万历四十八年（1620年），朝鲜使臣李廷龟出使中国，遇上万历帝驾崩、泰昌登基等一系列政治事件。他曾见到万历帝的遗诏，其中包括对矿税的记载：“封章多滞，僚采办公，加以矿税繁兴，征调四出，民生日蹙??建言废弃及矿税注误，诸臣酌量启用，一切榷税并新增织造烧造等悉停止”。因为矿税问题十分突出，故万历帝在遗诏中特意加以交代。
缺官不补
由于神宗不上朝，缺官现象非常严重。万历三十年（1602年），南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。叶向高曾疏曰：“今六部止有五人，都察院遂至空署。”且“候补科道久者二三年，近亦数月，旅食长安，茫无职事，销向用之心伤，平政之明所宜即行。”神宗委顿于上，百官党争于下，政府完全陷入空转之中。因此明史言：“明之亡，实亡于神宗。”
后金崛起
万历四十三年，李成梁去世，“成梁诸战功率藉健儿。其后健儿李平胡、李宁、李兴、秦得倚、孙守廉辈皆富贵，拥专城，暮气难振。”方从哲亦疏请曰：“今缺饷至于数月，诸军饥不得食，寒不得衣。……宜速发内帑数十万，先尽该镇，次及九边，用以抒燃眉之忧。”万历四十六年四月十三日，努尔哈赤以“七大恨”告天，正式与明朝决裂。四十六年四月，后金兵克抚顺，朝野震惊，万历帝仍不以为意。万历四十七年（1619年），辽东总兵杨镐四路进攻后金，在萨尔浒大败，死四万余人，开原、铁岭沦陷，北京震动。万历四十六年四月方从哲奏请“速下章奏、发帑金。”
身体状况
史学家曹国庆认为万历帝患有龋齿、牙周病和氟牙症等多种牙科疾病，颌骨发育不良，面部凹陷而左右两侧不对称。学者樊树志认为神宗疾病缠身。1958年，北京定陵的地宫被打开，万历帝尸骨“背微陀，腿部残疾”。右腿明显比左腿短。吴晗曾怀疑万历帝因身体不好吸鸦片。
神宗后期的荒怠政事，与他的健康状况也有很大的关系。有学者指出神宗好饮酒，又好女色，长期的酒色生活严重损害了他的身体，使其疾病缠身。但是他丝毫不以为戒，依旧沉迷其中，导致其病愈益严重，逐渐丧失处理朝政的能力。执政后期经常因病无法处理朝政而传谕辅臣。神宗久病不愈，加上又纵声酒色，导致身体一日不如一日。虚弱的身体使他不能正常处理政务，面对文官集团严厉的指责，万历皇帝索性以健康问题，心安理得地与朝政决裂。不见其臣不理其政。