清朝统一战争，是指来自满洲（今中国东北）的清朝政权进入山海关之后，为获得整个中国的统治权及取得更多疆域而发动的一系列战争。顺治元年（1644年），李自成攻陷明朝首都北京，山海关守将吴三桂向清朝投降。清朝势力正式入主中原，随后先后攻破各路农民军和南明政权的势力。1661年，攻取云南，中国本部全部归于清朝统治之下。清朝在三藩之乱中巩固了其在华南的统治地位，并在1683年攻取台湾，消灭南明最后一支势力。清朝又相继出兵蒙古、新疆、青藏高原等地，将它们归于自己统治之下，今日中国的版图大致在清朝时期形成。
清军入关
1644年3月，李自成领导的大顺农民军攻入北京，明思宗朱由检在紫禁城后的煤山自缢殉国，明朝灭亡。在山海关外的清朝迅速出兵，打出为故明臣民复君父仇的旗号进入中原。就在清朝接连取得军事胜利之时，清太宗皇太极病逝。占据北京的李自成为防止清兵入关，多次派人招降明朝镇守山海关的守将吴三桂，均未获得成功。在这种形势下，李自成于四月十三日率师东征，直取山海关。四月十五日，吴三桂投降清朝。四月二十一日，李自成率领农民军抵达山海关，摄政睿亲王多尔衮率清军于山海关一片石之战中，在明朝降将吴三桂的帮助下击败了李自成的大顺军。二十六日李自成败回北京，在紫禁城举行称帝仪式后于四月三十日退出北京城，清军入关占领北京城。
十月初一，顺治帝福临由盛京（今沈阳）迁往并定都北京。这时，清朝的地区仅为辽东、京畿和河北附近。与清军并存的，有三方：南京的弘光政权，退守陕西的李自成大顺政权以及四川的张献忠的大西政权，他们占据着南方以及西南的大片地区。多尔衮集中兵力，先于巩固北京周边地区，占领了山西、河北和山东，占领了华北地区，然后，多尔衮命英亲王阿济格经山西入陕；豫亲王多铎由河南趋陕，两路合攻西安。进攻李自成大顺农民军。顺治二年（1645年）正月，清军攻占潼关，直指西安。李自成兵败退出西安，率领残部退往河南陕西交界地带的商洛地区，继续坚持抗清。最后退往湖北九宫山，战死于此。将其攻灭后，清朝以广大的北方地区为依托，转向东南进攻南明弘光朝廷，以达到各个击破的目的。
在清军一连串的军事打击下，南明诸政权、大顺、大西政权被消灭，南明的残余势力诸如郑成功等退居东南沿海一带继续抗清。1662年，郑成功从荷兰人手中夺取台湾，奉南明永历帝为正朔，对抗清朝。
在清朝完全占领中国本部之后，明朝的支持者们并没有被彻底消灭。他们或是流亡海外，或转入地下活动，形成天地会、洪门等反清复明的秘密结社组织。
削平三藩
1662年，年仅八岁的康熙帝即位，康熙初年，西南的三藩云南吴三桂、广东尚可喜、福建耿精忠为朝廷的最大割据势力，威胁中央集权在华南地区的权威。康熙十二年（1672年），康熙帝下令撤藩。平西王吴三桂举兵反清，靖南王耿精忠、平南王尚之信先后响应。起兵初期，吴三桂旧部纷纷倒戈反清，经过八年的战争，康熙帝最终平定了三藩之乱。
攻克明郑
1645年，郑芝龙、郑鸿逵兄弟于福州拥戴唐王朱聿键称帝。1646年，清军入福建，郑芝龙降清，郑成功出走金门，以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名誓师反清。1661年4月，郑成功以“大明招讨大将军”的名义，经热兰遮城之战，迫使荷兰东印度公司在1662年2月1日签约投降。郑成功在台湾设承天府，试图反清复明。
1674年4月21日，清朝靖南王耿精忠起兵反清，隔海邀请郑经西征。郑经渡海后，击败耿精忠、尚之信，占领漳州、泉州、潮州、惠州和汀州。腹背受敌的耿精忠只好降清。耿精忠降清后，独自面对清朝军队的郑经节节败退，最后退回厦门。1677年清朝与郑经展开和谈，清朝康亲王杰书许诺，若郑经从中国沿海的岛屿撤退，就答应比照朝鲜，让东宁成为清朝藩属，并与东宁通商，永无猜嫌。1678年清朝将领赖塔给郑经的书信中声称，如果郑军肯退守台湾，则郑氏可永据台湾，与朝鲜、日本地位相同，不必剃发易衣冠、称臣纳贡全凭自愿。但郑经索要海澄为互市，导致谈判破裂。1680年，郑经战败，从厦门撤守台湾。
1683年，康熙帝派水师提督施琅进攻澎湖并攻克，台湾的郑克塽向清朝请降，东宁国灭亡。自此，南明的最后一支势力被消灭。清朝于1684年设置台湾府，归福建省管辖。
反击沙俄军
16世纪以来，沙皇俄国跨过乌拉尔山脉向亚洲西伯利亚地区扩张，不久之后持续侵扰中国黑龙江流域。清朝初年，清军主力入关，东北边界防卫空虚，沙俄遂占据了雅克萨和尼布楚等地。顺治帝时，清军曾几次击败俄军，由于东北人烟稀少，一旦清军回撤，俄军势力又卷土重来。康熙帝亲政之后，清政府一再要求俄方退出，俄军置之不理，并且继续扩大行动。
1685年和1686年，康熙帝两次派军进攻盘踞在雅克萨的俄军。1685年康熙帝派遣彭春率领清军3000人围攻雅克萨，俄军投降。清军把俘获的700余个俄军遣送回国，清军撤回后，俄军又重建土城。1686年夏，黑龙江将军萨布素率领本部2000人及援军重新攻打雅克萨，清军掘堑筑垒，围困雅克萨城长达10个月。城中俄军弹尽粮绝，俄国派特使和中国议和，康熙帝令萨布素撤兵。于康熙二十八年（1689年）俄国代表费耀多罗·戈洛文伯爵和清政府代表索额图、佟国纲签订了《尼布楚条约》，划定了中俄两国东段边界，在条约中，“清朝”和“中国”是互称，“中国”一词在当时已经具有了一个近现代主权国家的含义。
雍正五年（1727年），清朝政府与沙俄政府签订《布连斯奇条约》以划分中俄中段边界，经勘界后，同年签订了《恰克图条约》，保证了中俄的和平与商贸往来。