锦衣卫指挥使司，简称锦衣卫，是明朝所设的特务机构，直接向皇帝负责。其出门办事的校尉被雅称为缇骑。洪武十五年（1382年），在原亲军都尉府及所属的仪鸾司的基础上改制而成。下辖经历司、南北镇抚司及亲军所、驯象所等十四所。永乐后，分为锦衣卫与南京锦衣卫。
锦衣卫最早起源是金朝的拱卫直使司（原名龙翔军、神卫军），元至元三年（1266年）始置拱卫司，属礼部。九年升“拱卫直都指挥使司”。有指挥使、副都指使等官。
1361年，朱元璋仍是吴国公时代，改枢密院为都督府辖锦衣卫前身的“拱卫司”（并无“御用”二字），秩正七品，管领校尉，后改拱卫指挥使司，秩正三品。再改为都尉司，终改为“仪銮司”（《大明会典》云锦衣卫本仪銮司），洪武二年设置亲军都尉府，仪銮司改隶亲军都尉府，十五年、罢府及司、置锦衣卫为十二亲军卫之一（天子六军）。最早只有1,500名大汉将军，为大内宫廷卫士。
朱元璋在建国后，因循历代稗政设锦衣卫镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠，其下有专司侦察的官校。锦衣卫于是开始兼掌缉捕、刑狱之事。朱元璋猜忌多疑，怕大臣对他不忠，因此随时充满戒心，要求大臣对他绝对的服从、忠心不贰，要出朝之后也要对他恭恭敬敬，便设法派密探四出巡视。这是锦衣卫以及明朝特务机构的雏形。
后来，朱元璋以亲信密探曰“检校”，负责侦察在京中官吏的大小之事[来源请求]。洪武十三年，发生胡惟庸案，朱元璋对臣下更加不信任，至洪武十五年（1382年），正式建立锦衣卫组织，首任指挥使是杨宪（检校），后续是毛骧、蒋瓛、纪纲、夏煜。
尔后洪武二十年，太祖以治锦衣卫者多非法凌虐，乃焚刑具，诏内外狱咸归三法司（即洪武十五年到洪武廿年这十年期间非法凌虐，蓝玉案由三法司审理）。在洪武二十六年（1393年），因朱元璋认为此一酷政不可以长期存在，再加上锦衣卫于侦办蓝玉谋反案时“非法凌虐，诛杀为多”，“株连且四万（人）”；于是下令大削锦衣卫的权力（“诏内外狱无得上锦衣卫，大小咸经法司”）。所以胡惟庸案与蓝玉案（由皇太孙朱允炆及吏部尚书詹徽审理）皆与锦衣卫无多大干系。
到了明成祖朱棣篡位成功后，为了压制臣民对他的不满，于是恢复锦衣卫的所有权力并有所加强，如永乐十三年（1415年）《永乐大典》总裁官解缙被纪纲置于雪地冻死即为一例。袁彬官至特授勋上柱国、左军都督、升授光禄大夫，是最显赫的指挥使。宪宗成化年间，锦衣卫北镇抚司的刑事可以不照会本官厅而直接处理，且即使本司所下达的命令也是由北镇抚司所草稿完后提呈上去等候批准的。锦衣卫自李自成起事，明思宗任命的都指挥使吴孟明之后，延续至1661年南明昭宗的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀才可说是正式结束长达290年的历史。
制度
明初的军制比较简单，其基层单位是“卫”和“所”，每卫辖正规军士约5,000人，其下设所，分为千户所和百户所，京城的禁卫军所辖卫所为48处。到洪武十五年，朱元璋决定改革禁卫军，建立了十二个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。在锦衣卫组织当中，皇帝为直接的管理者。
其中北镇抚司任务是“专理诏狱”，之后于明宪宗成化元年（1465年）增铸北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋需通过指挥使转达，而锦衣卫官员中不掌诏狱者亦不得干预其事。著名代表诏狱案件为：明初大将军蓝玉谋反案及明末首辅周延儒案，均为锦衣卫侦破立功。
“三法司”（即刑部、都察院与大理寺）无权干涉锦衣卫所处理的案件。通常锦衣卫在逮捕嫌犯之前，需由刑科给事中签批“驾帖”才可行事，作用相当于现代的逮捕令（非指“腰牌（识别证）”）。早期加入锦衣卫都会经过严格地审查和考核，要求良民，无犯罪纪录，后经过训练与挑选最终决定。后期若有锦衣卫逝世，他的亲属，如亲儿或是亲兄弟，可成为其替补，无儿或兄弟则会于市上选择合条件的人作为代替，故锦衣卫中不会出现职位有空缺的情况。
《万历野获编》卷21《驾帖之伪》：“祖制：锦衣卫拿人，有驾帖发下，须从刑科批定，方敢行事，若科中遏止，即主上亦无如之何。如正统王振、成化汪直，二竖用事，时缇骑偏天下，然不敢违此制也。”锦衣卫“驾帖”拿人必须经过刑科给事中“佥签”。
《明世宗实录》嘉靖元年十二月辛丑：“旧例，厂卫赍驾帖提人，必由刑科佥批”，也就是厂卫拿人必须由言官给事中行封驳，万历朝，因神宗“怠政”，天下官员有缺不补，以至驾帖发出，因刑科无官没法“佥签”。而刑科无人“佥签”，锦衣卫亦不敢率尔抓人，锦衣卫官校持签印完整的驾帖，至刑科“佥签”时，还必须持有奏章的原件以备勘合，驾帖拿人，初期仅仅限于京城左近，弘治、正德间，缇骑开始至外地拿人，但需要各衙门会签以防假冒。
《殊域周咨录》卷9《云南百夷附》：“臣闻驾帖下各衙门则用司礼监印信，该科挂号皇城各门俱打照出关防，皆所以禁诈伪也。”驾帖拿人，定制拿一人奉一帖，不允许一帖拿多人，根据明制，奉驾帖拿人是锦衣卫的正差，本与内侍无关，而天启朝至有宦官提驾帖直接拿人，遭遇反抗的事情：梁本《明熹皇帝录》天启四年六月乙巳：“刑科给事傅櫆奏：佥驾帖原有常规，增差内官，大违明制。万燝被殴，林汝翥不过畏内珰之凶锋，恐不得以正命死耳。内官百十成群执之，亏损圣德莫此为甚。上命今后驾帖如旧。”而明熹宗天启朝时魏忠贤掌权不过八年，却让人以偏盖全认为明一代276年锦衣卫都为如此。
他们直接听命于皇帝，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。
业务职掌
锦衣卫的业务职掌为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，这一句话就包括了锦衣卫的两大执行机构与职权：
一、大汉将军：主管皇帝侍卫、展列仪仗、传递皇帝命令以及职掌廷杖等事项，可以说和一般禁卫军毫无不同（只有职掌廷杖此项为锦衣卫独有）。
二、经历司和南、北（名称，非方位）镇抚司：这一方面即为锦衣卫与一般禁卫军不同的特点，分述如下：
经历司：主管锦衣卫公务文书的出入、誊写及档案封存等事项。
南镇抚司：主管一般卫、所部队人员之犯罪侦查、审讯、判决、情报以及军事武器之研发事项。
北镇抚司：主管各地藩王及官员秘密监视、肃反肃贪，独立侦讯、逮捕、判决、关押权力（诏狱）以及反间谍事项。
编制人数
据黄仁宇统计，1580年太仓库在京师的现金支出，京城巡捕、锦衣卫等共50,000两，明末职业军人年俸，约15~20两，锦衣卫校尉、力士总数应在2500至5600之间，田有定额赋有定故，由户部支付饷银，并不如后人想像能随意扩大编制，坊间文章动辄膨胀至十数万人，崇祯朝关宁锦防军，关内外15万员年俸支出就以480万两起跳，过分夸大似乎有违常理。